ФНС РФ в письме № ЕД-4-3/12919@ от 03.08.2012 разъяснен порядок ведения раздельного учета НДС при осуществлении нескольких операций, освобождаемых от налогообложения этим налогом.
Так, в соответствии с абз. 9 п. 4 ст.. 170 НК РФ,налогоплательщик вправе не применять положения данного пункта и не вести раздельный учет НДС в тех налоговых периодах, где доля совокупных расходов на приобретение, производство и (или) реализацию товаров (работ, услуг), имущественных прав, операции по реализации которых не подлежат налогообложению, не превышает 5% общей величины расходов на приобретение, производство и (или) реализацию товаров (работ, услуг), имущественных прав.
При этом все суммы НДС, предъявленные таким налогоплательщикам продавцами товаров (работ, услуг), имущественных прав в указанном налоговом периоде, подлежат вычету в соответствии с порядком, установленным статьей 172 НК РФ.
Таким образом, исчисление 5-ти процентной величины расходов в отношении одной из нескольких осуществляемых налогоплательщиком операций, освобождаемых от налогообложения НДС, НК РФ не предусмотрено.